Dapatkah Seleksi Alam Menjelaskan Kompleksitas?
Seleksi alam sama sekali tidak memberikan kontribusi kepada teori evolusi, sebab mekanisme ini tidak pernah mampu menambah atau memperbaiki informasi genetis suatu spesies. Seleksi alam juga tidak dapat mengubah satu spesies menjadi spesies lain: bintang laut menjadi ikan, ikan menjadi katak, katak menjadi buaya, atau buaya menjadi bu-rung. Seorang pendukung fanatik teori punctuated equilibrium, Gould, menyinggung kebuntuan seleksi alam ini sebagai berikut:
Intisari Darwinisme terdapat dalam sebuah kalimat: seleksi alam merupakan kekuatan yang menciptakan perubahan evolusi. Tak ada yang menyangkal bahwa seleksi alam akan berperan negatif dengan menghilangkan individu-individu yang lemah. Menurut teori Darwin, itu berarti pula seleksi alam
memunculkan individu-individu kuat.
Evolusionis juga menggunakan metode menyesatkan lainnya dalam masalah seleksi alam: mereka berusaha menampilkan mekanisme ini sebagai "perancang yang memiliki kesadaran". Akan tetapi, seleksi alam tidak memiliki kesadaran. Seleksi alam tidak memiliki kehendak yang dapat menentukan apa yang baik dan yang buruk bagi makhluk hidup. Karenanya, seleksi alam tidak dapat menjelaskan sistem-sistem biologis dan organ-organ yang memiliki "kompleksitas tak tersederhanakan" (irreducible complexity).
Sistem-sistem dan organ-organ ini tersusun atas kerja sama sejumlah besar bagian, dan tidak berfungsi jika ada satu saja bagian yang hilang atau rusak. (Contohnya, mata manusia tidak berfungsi kecuali jika semua detailnya ada). Jadi, kehendak yang menyatukan bagian-bagian tersebut seharusnya mampu memperkirakan masa depan dan langsung mengarah pada keuntungan yang perlu dicapai pada tahapan terakhir. Karena seleksi alam tidak memiliki kesadaran atau kehendak, seleksi alam tidak dapat melakukan hal seperti itu. Fakta ini, yang juga menghancurkan pondasi teori evolusi, telah membuat Darwin khawatir: "Jika dapat ditunjukkan suatu organ kompleks, yang tidak mungkin terbentuk melalui banyak modifikasi kecil bertahap, maka teori saya akan sepenuhnya runtuh."
Seleksi alam hanya mengeliminir individu-individu suatu spesies yang cacat, lemah atau tidak mampu beradaptasi dengan habitatnya. Mekanisme ini tidak dapat menghasilkan spesies baru, informasi genetis baru, atau organ-organ baru. Dengan demikian, seleksi alam tidak mampu menyebabkan apa pun berevolusi. Darwin menerima kenyataan ini dengan mengatakan: "Seleksi alam tidak dapat melakukan apa pun sampai variasi-variasi menguntungkan berkebetulan terjadi". Karena itulah neo-Darwinisme harus mengangkat mutasi sejajar dengan seleksi alam sebagai "penyebab perubahan-perubahan menguntungkan". Akan tetapi, seperti yang akan kita lihat, mutasi hanya dapat men-jadi "penyebab perubahan-perubahan merugikan".