ANALISIS FILOGENETIK

ANALISIS FILOGENETIK

Protein-protein dapat berevolusi dengan laju yang berbeda-beda akibat adanya faktor intrinsic (mekanisme-mekanisme perbaikan). Protein–protein yang sangat lestari (conserved) tampaknya hanya mampu menoleransi sedikit perubahan kecil, sedangkan sejumlah protein lainnya mampu menyerap berbagai mutasi tanpa kehilangan fungsinya. Mutasi yang terjadi diluar daerah yang terlibat dalam fungsi normal dapat ditoleransi sebagai mutasi netral secara selektif. Seiring berjalannya waktu biologis, mutasi-mutasi netral tersebut cenderung terakumulasi di dalam garis keturunan geneologis. Jika kita asumsikan kalau mutasi–mutasi netral semacam itu terakumulasi dengan laju konstan untuk protein yang sangat lestari, maka kita bisa menentukan pola percabangan dari pohon filogenetik (disebut juga kladogram atau pohon evolusi).

Prinsip parsimoni umum digunakan untuk menentukan jumlah minimum perubahan genetic yang dibutuhkan untuk menyebabkan perbedaan-perbedaan skuens asam amino atau nukleotida di antara organisme-organisme yang mempunyai nenek moyang (ancestor) yang sama. Jarak evolusi yang memisahkan organisme di dalam pohon filogenetik biasanya dinyatakan dalam unit-unit mutasi nukleotida atau subtitusi asam amino.