PERMASALAHAN DALAM ESTIMASI TRANSFER GEN HORIZONTAL

PERMASALAHAN DALAM ESTIMASI TRANSFER GEN HORIZONTAL

Upaya sequencing pada genom manusia kini telah mengungkap bahwa terdapat ratusan gen manusia yang pada awalnya ditransfer oleh bakteri. Namun hasil analisis terakhir menunjukkan proporsi gen hasil transfer horizontal tersebut sebenarnya sangat sedikit. Beberapa faktor yang berkontribusi yang berpengaruh dalam perkiraan jumlah gen hasil transfer horizontal pada genom manusia atau pada organisme lain adalah sebagai berikut.

1. Bias selama sampling. Secara relatif masih sedikit genom eukariot yang telah disusun sequence-nya dengan lengkap, sementara masih terdapat ratusan genom yang akan disusun. Hilangnya sebuah sequence homolog gen manusia dari sequence suatu eukariot masih belum bisa membuktikan asal mula sequence tersebut dari sumber eksternal seperti bakteri. Semakin banyak data sequence yang diperoleh, maka akan semakin banyak gen yang terungkap.

2. Hilangnya sequence homolog pada beberapa garis keturunan yang berkerabat menunjukkan bahwa terdapat gen yang berasal dari sumber eksternal. Hal yang dilakukan untuk mengatasi permasalahan ini adalah pengumpulan data sequence lebih banyak dari berbagai garis keturunan lain yang masih berkerabat.

3. Duplikasi gen yang diikuti dengan laju divergensi yang cepat dapat menghasilkan

gen baru yang terlepas dari garis keturunan suatu organisme.

4. Seleksi evolusioner pada gen tertentu menyebabkan meningkatnya laju perubahan sequence. Gen yang berevolusi lebih cepat daripada gen yang normal cenderung menyebabkan kesalahan perbandingan sequence untuk pembentukan pohon evolusi.

5. Mudahnya transfer gen secara horizontal melalui plasmid, virus, dan transposon dalam kondisi laboratoris ternyata cenderung menyesatkan. Padahal dalam kondisi di alam masih terdapat barrier yang menghalangi perpindahan tersebut. Lebih jauh, hasil transfer gen horizontal cenderung bersifat temporer. Gen yang didapat melalui plasmid, transposon, dan sebagainya ternyata mudah terlepas dan hilang. Gen semacam itu akan nampak dalam kondisi menghadapi seleksi (seperti gen resistensi antibiotik), kemudian gen tersebut akan menghilang saat kondisi selektif tersebut tidak ada.

6. Upaya eksperimental seperti kontaminasi DNA yang sering terjadi. Pada umumnya parasit dari kelompok bakteri dan virus sering berhubungan dengan organisme tingkat tinggi dan usaha untuk memurnikan DNA dari organisme parasit tersebut bukan perkara mudah.